Durante el Virreinato la educación no logró generalizarse, era la reproducción del sistema de clases que se había impuesto en el Perú, todo lo que se enseñaba tenía que estar forzosamente de acuerdo con la política absolutista del gobierno español y con la intolerancia religiosa. Esta educación y enseñanza presentaba las siguientes características:

1.- Era Clasista

porque era un privilegio de las clases altas y adineradas, el aprendizaje y enseñanza era considerado como un privilegio para grupos pertenecientes a las clases sociales altas, consideradas como la nobleza de los españoles, como a los descendientes de la nobleza Inca y los hijos de los caciques, no hubo educación para el pueblo, los indios y mestizos, recibían una educación que era impartida por sus padres, que en algunos casos se basaba en la enseñanza de los oficios que desempeñaban.

2.- Sin Diferencia Pedagogica

es decir las numerosas materias que se impartían, se realizaban sin ningún patrón preestablecido, no se encontraba ajustada a alguna norma y conexión pedagógica de enseñanza, por lo que no se estableció diferencia entre los diversos grados de enseñanza educativa, es decir no existía primaria ni secundaria, se impartía una mezcla de educación general.

3.- Predominantemente Religiosa

toda vez que los colegios donde se impartían la educación eran de propiedad de las diferentes órdenes religiosas, y la enseñanza era impartida por los sacerdotes, tanto en castellano como en las lenguas aborígenes con la finalidad de fortalecer los sentimientos religiosos principalmente en las clases nobles de los aborígenes y por consiguiente de sus colonias. Los elementos principales de educación y cultura estaban en manos de la iglesia. La clase religiosa contribuyó eficazmente al fortalecimiento y organización del virreinato, no solo con la evangelización de los "infieles" y la persecución de las herejías, sino también con la enseñanza de las diferentes artes y oficios sobre cultivos y obrajes.

4.- Memorismo

la modalidad de enseñanza se basaba en el "memorismo", todas las clases debían de aprenderse de memoria, sin omitir palabra ni detalle alguno, lo que constituía una verdadera tortura mental, el alumno estaba prohibido de practicar el raciocinio y de poner en juego su comprensión. Las lecciones se repetían insistentemente e iba acompañada de una férrea disciplina, existiendo los castigos corporales como método pedagógico de enseñanza.

Como norma principal, en los colegios las primeras lecciones impartidas eran conocidas como "LAS PRIMERAS LETRAS", en las cuales los alumnos recibían clases de lectura, escritura, recitación y doctrina cristiana.

Principales colegios fundados durante el Virreinato:

* Los Colegios de San Pedro y San Pablo, regentado por los Jesuitas en la ciudad de Lima, fundado en 1568; en esta escuela se impartían clases de Arte, filosofía, y el estudio de las lenguas nativas del Perú.
* Colegio de San Felipe, destinado a los hijos de los conquistadores, a cargo de sacerdotes del Arzobispado de Lima, y el Colegio de San Marcos, fundados por el Virrey Toledo en 1575.
* El Colegio Real de San Martín, fundado por el Virrey Don Martín Enríquez de Almanza en 1582, donde se realizaron estudios de jurisprudencia.
* San Idelfonso, regentado por los Agustinianos.
* San Antonio de Abad (Cusco), que dio origen a la Universidad.
* Colegio de San Pedro de Nolasco, fundado en Lima, a cargo de los Mercedarios, cuyas instalaciones hasta hoy se conservan.
* El Colegio del Príncipe, creado por Real Cédula del Rey Carlos III, durante el gobierno del Virrey Francisco de Borja y Aragón Príncipe de Esquilache, se fundó en Lima, y San Borja en el Cusco, destinado a los hijos de los caciques, los cuales recibían enseñanzas del castellano, religión, etc.
* Colegio de Huancavelica, fundado por los jesuitas en 1709.
* Colegio de la Villa de Moquegua fundado en 1711 por los jesuitas.
* Colegio de Ica fundado en 1719 fundado por los jesuitas.
* Colegio de San Carlos fundado en 1770, siendo virrey Manuel Amat y Junient, se creó en compensación de la expulsión de los jesuitas, funcionó en lo que hoy es la casona de San Marcos. Fue en este colegio donde Don Toribio Rodríguez de Mendoza y Fray Diego Cisneros iniciaron los movimientos de la reforma en la enseñanza.
* Santo Tomás, a cargo de los Dominicos.
* San Buenaventura a cargo de los franciscanos.

Durante el Virreinato, se fundaron escuelas de Educación Superior, entre las que se encuentran:

La Real y Pontificia Universidad de San Marcos, fundada por Real Cédula del 12 de Mayo de 1551, por el Emperador Carlos V; inició sus labores el 2 de Enero de 1553, en el convento de Santo Domingo y posteriormente se trasladó al Real Convictorio de San Carlos (Parque Universitario).


* La Universidad de San Cristóbal de Huamanga, fundada en 1667.
* La Universidad de San Antonio de Abad del Cusco, fundada en 1692.
* La Universidad de San Agustín de Arequipa, fundada en 1714.

La Sociedad Amantes del País, fue una asociación de intelectuales criollos que se fundó en Lima a fines del Siglo XVIII, con el fin de estudiar la realidad nacional, divulgar un mejor conocimiento del Perú hasta entonces muy olvidado, siendo el resultado de estos estudios el nacimiento de las ideas emancipadoras y de independencia.

Entre los miembros más destacados de la Sociedad de Amantes del país, figuran: Hipólito Unanue, muy estimado por los Virreyes Taboada y Abascal, figura insigne al servicio de la Independencia, asesor incondicional de San Martín y Bolívar, fundador del Anfiteatro Anatómico y del Colegio de Medicina de San Fernando; José Baquíjano y Carrillo, Diego Cisneros, José Egaña y José Rossi y Rubí.

Esta Sociedad, editó el famoso "MERCURIO PERUANO", en cuyas páginas se editaron valiosos artículos que abordaban sobre la realidad peruana.