La Religión Católica del siglo XVI, sufrió un cisma que la dividió en dos grupos: La Iglesia Católica y la Iglesia Protestante. España pertenecía a la Iglesia Católica y la práctica que realizaban de esta religión era muy agresiva, creían que su religión era la única, la autentica y por los tanto se sentían con la misión de divulgar esta verdad y salvar el alma de los infieles, aunque para conseguirlo tuvieran que matarlos; identificaron a esta religión como parte de sus empresas político-militares, que después de realizadas en Europa, fue llevada a sus colonias. El Patrón Santiago Mata Moros, con el cual se ayudaron para expulsar a los moros de sus territorios, lo convirtieron en el Patrón de los conquistadores Santiago Mata Indios.

La religión católica hizo su presencia en América desde que se iniciaron las expediciones al Tahuantinsuyo de los Incas, era común encontrar en todas las expediciones que realizaban los españoles a algún sacerdote o religioso, encargado de llevar la religión católica y su posible difusión en las culturas que encontraran.

El territorio de las Parroquias que existieron en el Perú durante la Colonia, llegaron a coincidir con el número de encomiendas y reducciones existentes, realizaban funciones múltiples desde demográficas, colaborando con los censos que se realizaban cada cinco años, fiscales porque se encargaban de realizar las cobranzas de los diezmos que tenían que entregar los indios, administrativa las tierras y bienes de cada curato hasta otras en muchos casos no ligadas a sus funciones religiosas.

Para el cumplimiento a cabalidad de las funciones misioneras de la Iglesia Católica en el Perú, se crearon los CONCILIOS, con la finalidad de controlar la disciplina interna, estos eran convocados por el Arzobispo de Lima con la participación de los prelados, en cuyas reuniones se examinaban los principales asuntos de la religión y dictando diferentes normas que regulaban la conducta de los pobladores de las colonias. Pese a la existencia de estas normas de comportamiento, se creó el "Tribunal de la Santa Inquisición", como órgano de vigilancia, control y castigo, este tribunal de estableció a fines del siglo XVI hasta principios del siglo XIX. El Tribunal de la Inquisición no ejercía poder sobre los indios, pero sí sobre los españoles, mestizos y esclavos. Eran perseguidos por este tribunal: los judíos, por profesar otra religión, casos de hechicería o brujería, etc., los infractores de estos delitos eran castigados con crueles torturas que llegaban hasta la muerte. También realizaron una estricta vigilancia cultural, creando una gran lista de lecturas prohibidas, entre ellas obras fundamentales de la ciencia moderna.

Con el correr de los años fueron numerosas las órdenes religiosas que arribaron al Perú, a la vez que se construyeron numerosas iglesias y templos con la mano de obra de los naturales, iniciándose una gran tarea evangelizadora, logrando que surgiera un marcado espíritu religioso en la población, que se tradujo en habituales prácticas religiosas como las procesiones (Señor de los Milagros, en Lima, y la del Señor de los Temblores en el Cusco), solemnes misas y fervorosas oraciones cotidianas.

Fueron muchas las ordenes y congregaciones europeas que arribaron al Perú, variando cada una de importancia según la época, es así que el siglo XVI fue el siglo de los Dominicos, el siglo XVII de los jesuitas, etc. La Orden de los Dominicos fue la más poderosa desde que se inició la conquista del Tahuantinsuyo, principalmente por estar presente con Pizarro cuando se realizó la captura de Atahualpa; se instalaron en el Templo del Sol, Coricancha; fundaron la Universidad Mayor de San Marcos; escribieron la primera gramática quechua, implementaron la Santa Inquisición, etc. Esta influencia terminó a fines del siglo XVI cuando fueron reemplazados por los Jesuitas, quienes adquirieron gran prestigio por sus actividades culturales y educativas, hasta que fueron expulsados de España y de todos sus territorios a mediados del siglo XVIII por orden del rey Carlos III.

Entre las principales órdenes religiosas que arribaron al Perú, se destacan:

* La de los Dominicos, pertenecientes a la Orden de Santo Domingo, que fueron la primera que llegó al Perú, en 1531.
* La de los Franciscanos, llegaron al Perú en 1532.
* La de los Mercedarios, en 1533.
* La de los Jesuitas, en 1568.

Durante la época de dominación española, surgieron como expresión religiosa numerosos santos, como ejemplos de misticismo y santidad, que por sus grandes virtudes y obras fueron llevados a los altares de la religión católica.

Entre estos santos están:

* Santo Toribio de Mogrovejo, segundo arzobispo de Lima, canonizado en 1720.
* San Francisco Solano, santificado en 1726.
* Santa Rosa de Lima, tuvo por nombre Isabel Flores de Oliva, nació el 30 de Agosto de 1586 en Lima, fue santificada en 1671, por el Papa Clemente X.
* San Martín de Porras, nació en Lima el 9 de Diciembre de 1579, de padre español y su madre una negra libre, fue santificado el 6 de Mayo de 1962 por el Papa Juan XXIII.